Чланом 16. Закона о здравственом осигурању (“Službene новине Федерације БиХ“ бр. 30/97 и 7/02, 70/08 и 48/11) (у даљем тексту Закон о здравственом осигурању) прописано је оснивање Завода здравственог осигурања и реосигурања Федерације БиХ, ради обављања послова и остваривања права из обавезног здравственог осигурања која су од интереса за све кантоне као и провођења одређених права по основу конвенција, других међународних уговора или закона и обављања послова обавезног здравственог осигурања. Влада Федерације БиХ је донијела Одлуку о почетку рада Завода здравственог осигурања и реосигурања Федерације Босне и Херцеговине В број 107/98 од 14 маја 1998. године. Чланом 13. Закона о здравственом осигурању, образован је Фонд солидарности Федерације Босне и Херцеговине (у даљем тексту федерални фонд солидарности) у циљу остваривања једнаких увјета за провођење обавезног здравственог осигурања у свим кантонима, за одређене приоритетне вертикалне програме здравствене заштите од интереса за Федерацију, и за пружање приоритетних најсложенијих облика здравствене заштите из одређених специјалистичких дјелатности, средства федералне солидарности осигуравају се код Федералног завода. Федерални фонд солидарности је почео са радом 01.07.2002. године.
Организација рада, број запослених, начин управљања и руковођења регулисани су Статутом Федералног завода осигурања и реосигурања и Правилником о организацији и систематизацији послова и задатака Стручне службе. Статут Федералног завода је донијела Влада Федерације Босне и Херцеговине, а на Правилник о организацији и систематизацији послова и задатака Стручне службе, Владе Федерације Босне и Херцеговине је својим актом дала сагласност.
Радом Федералног завода управља Управни одбор састављен од 11 чланова који чине по један представник сваког кантона и представник Министарства здравства Федерације Босне и Херцеговине.
Федерални Завод представља и заступа Директор у складу са Законом и Статутом.
Министарство здравства Федерације БиХ је надлежно министарство за Федерални завод и све инструкције као и повратна извјешћа и планови се достављају министарству на одобрење и даљњу процедуру. За финанцирање дијела средстава (трансфери за одређене програме) надлежно је Федерално министарство финанција које ове трансакције извршава у складу са Законом о извршењу прорачуна. Значајан је утјецај Парламента ФБиХ приликом усвајања Планова и извјешћа Завода као и доношења законских рјешења из области здравства.
Обзиром на јавну одговорност институције, значајан утјецај из окружења има цјелокупна јавност као и невладине организације.
Средства федералног фонда солидарности се осигуравају из доприноса за обвезатно здравствено осигурање и дијелом из средстава Прорачуна Федерације БиХ путем трансфера Федералног министарства здравства.
ZZOR ФБиХ је јавна установа која има водећу улогу у осигурању универзалног приступа финансијски одрживом основном пакету здравствених права из обавезног здравственог осигурања чиме утиче на изградњу одрживог квалитетног и исплативог здравственог система са циљем побољшања здравственог стања становништва Федерације БиХ.
„Да се развије и ојача у институцију из области здравственог сектора која ће првенствено бити орјентисана према пацијенту у циљу обезбјеђења квалитетних услуга на ефикасан, економичан, ефективан и транспарентан начин“ као и да „обезбиједи оптималан степен осигурања права пацијента подједнако на цијелом подручју Федерације БИХ из програма у надлежности Федералног завода и да осигура једнакост посматрану кроз призму обухвата и правичног финансирања здравствене заштите осигураника.“
Надлежност Федералног завода утврђена је Законом о здравственом осигурању и Статутом Федералног завода, а односи се на:
- учешће у изради Закона у области здравства, као и других прописа и подзаконских аката у вези са остваривањем права из обавезног здравственог осигурања;
- праћење политике провођења и унапређења обавезног здравственог осигурања и координирање рада кантоналних завода здравственог осигурања у том домену;
- планирање и прикупљање средстава федералног фонда солидарности и реализације програма здравствене заштите који се финансирају средствима федералне солидарности, сагласно Одлуци о вертикалним програмима;
- обезбјеђење права осигураника у оквиру федералног фонда солидарности у циљу уједначавања права осигураних на нивоу Федерације БиХ код провођења одређених програма здравствене заштите;
- израду међународних уговора о социјалном осигурању у дијелу који се односи на обавезно здравствено осигурање и проводи их;
- координира рад кантоналних завода здравственог осигурања у провођењу ових уговора и непосредно учествује у међународним договорима везаним за ову област,
- обављање послова у вези са остваривањем здравствене заштите у иностранству за које је овлаштен у складу са Законом о здравственом осигурању;
- осигурање вођења јединственог информационог система обавезног здравственог осигурања;
- прикупљање, анализу података и израду обрачуна укупних средстава остварених и утрошених у здравству Федерације Босне и Херцеговине;
- израду цијена здравствених услуга из основа обавезног здравственог осигурања;
- као и друге послове који се односе на рад федералног фонда солидарности, а произилазе из закона и других прописа те подзаконских аката.
Реализација Програма здравствене заштите представља приоритете и они су груписани како слиједи:
- Обезбјеђивање права на здравствене услуге које се финансирају средствима федералног фонда солидарности,
- Обезбјеђивање права на лијекове и медицинска средства који се финансирају средствима федералног фонда солидарности,
- Остваривање права из болничке здравствене заштите повратника из Федерације БиХ у Р Српску у здравственим установама у ФБиХ,
- Обезбјеђивање права осигураним лицима у ФБиХ на кориштење здравствене заштите у иностранству сагласно Правилнику о увјетима и поступку упућивања осигураних лица на лијечење у иностранство,
- Здравствена заштита у иностранству (за деташиране раднике) и по основу провођења међународних уговора о социјалном осигурању,
- Планирање и уговарање здравствене заштите из обавезног здравственог осигурања и извјештавања,
- Праћење регистрације обвезника, уплате доприноса, остваривања права и праћење трошкова здравствене заштите из обавезног здравственог осигурања, путем информационог система у Федералног завода осигурања и реосигурања,
- Усклађивање законодавноправног оквира са реформским процесима ФБиХ и прописима ЕУ, превенција у борби против корупције и јачање интегритета Федералног завода осигурања и реосигурања.