Članom 16. Zakona o zdravstvenom osiguranju (”Službene novine Federacije BiH” br. 30/97 i 7/02, 70/08 i 48/11) (u daljem tekstu Zakon o zdravstvenom osiguranju) propisano je osnivanje Zavoda zdravstvenog osiguranja i reosiguranja Federacije BiH, radi obavljanja poslova i ostvarivanja prava iz obaveznog zdravstvenog osiguranja koja su od interesa za sve kantone kao i provođenja određenih prava po osnovu konvencija, drugih međunarodnih ugovora ili zakona i obavljanja poslova obaveznog zdravstvenog osiguranja. Vlada Federacije BiH je donijela Odluku o početku rada Zavoda zdravstvenog osiguranja i reosiguranja Federacije Bosne i Hercegovine V broj 107/98 od 14 maja 1998. godine. Članom 13. Zakona o zdravstvenom osiguranju, obrazovan je Fond solidarnosti Federacije Bosne i Hercegovine (u daljem tekstu federalni fond solidarnosti) u cilju ostvarivanja jednakih uvjeta za provođenje obaveznog zdravstvenog osiguranja u svim kantonima, za određene prioritetne vertikalne programe zdravstvene zaštite od interesa za Federaciju, i za pružanje prioritetnih najsloženijih oblika zdravstvene zaštite iz određenih specijalističkih djelatnosti, sredstva federalne solidarnosti osiguravaju se kod Federalnog zavoda. Federalni fond solidarnosti je počeo sa radom 01.07.2002. godine.
Organizacija rada, broj zaposlenih, način upravljanja i rukovođenja regulisani su Statutom Federalnog zavoda osiguranja i reosiguranja i Pravilnikom o organizaciji i sistematizaciji poslova i zadataka Stručne službe. Statut Federalnog zavoda je donijela Vlada Federacije Bosne i Hercegovine, a na Pravilnik o organizaciji i sistematizaciji poslova i zadataka Stručne službe, Vlade Federacije Bosne i Hercegovine je svojim aktom dala saglasnost.
Radom Federalnog zavoda upravlja Upravni odbor sastavljen od 11 članova koji čine po jedan predstavnik svakog kantona i predstavnik Ministarstva zdravstva Federacije Bosne i Hercegovine.
Federalni Zavod predstavlja i zastupa Direktor u skladu sa Zakonom i Statutom.
Ministarstvo zdravstva Federacije BiH je nadležno ministarstvo za Federalni zavod i sve instrukcije kao i povratni izvještaji i planovi se dostavljaju ministarstvu na odobrenje i daljnju proceduru. Za finansiranje dijela sredstava (transferi za određene programe) nadležno je Federalno ministarstvo finansija koje ove transakcije izvršava u skladu sa Zakonom o izvršenju budžeta. Značajan je uticaj Parlamenta FBiH prilikom usvajanja Planova i izvještaja Zavoda kao i donošenja zakonskih rješenja iz oblasti zdravstva.
Obzirom na javnu odgovornost institucije značajan uticaj iz okruženja ima cjelokupna javnost kao i nevladine organizacije.
Sredstva federalnog fonda solidarnosti se osiguravaju iz doprinosa za obavezno zdravstveno osiguranje i dijelom iz sredstava Budžeta Federacije BiH putem transfera Federalnog ministarstva zdravstva.
ZZOR FBiH je javna ustanova koja ima vodeću ulogu u osiguranju univerzalnog pristupa finansijski održivom osnovnom paketu zdravstvenih prava iz obaveznog zdravstvenog osiguranja čime utiče na izgradnju održivog kvalitetnog i isplativog zdravstvenog sistema sa ciljem poboljšanja zdravstvenog stanja stanovništva Federacije BiH.
„„Da se razvije i ojača u instituciju iz oblasti zdravstvenog sektora koja će prvenstveno biti orjentisana prema pacijentu u cilju obezbjeđenja kvalitetnih usluga na efikasan, ekonomičan, efektivan i transparentan način“ kao i da „obezbijedi optimalan stepen osiguranja prava pacijenta podjednako na cijelom području Federacije BIH iz programa u nadležnosti Federalnog zavoda i da osigura jednakost posmatranu kroz prizmu obuhvata i pravičnog finansiranja zdravstvene zaštite osiguranika.“
Nadležnost Federalnog zavoda utvrđena je Zakonom o zdravstvenom osiguranju i Statutom Federalnog zavoda, a odnosi se na:
- učešće u izradi Zakona u oblasti zdravstva, kao i drugih propisa i podzakonskih akata u vezi sa ostvarivanjem prava iz obaveznog zdravstvenog osiguranja;
- praćenje politike provođenja i unapređenja obaveznog zdravstvenog osiguranja i koordiniranje rada kantonalnih zavoda zdravstvenog osiguranja u tom domenu;
- planiranje i prikupljanje sredstava federalnog fonda solidarnosti i realizacije programa zdravstvene zaštite koji se finansiraju sredstvima federalne solidarnosti, saglasno Odluci o vertikalnim programima;
- obezbjeđenje prava osiguranika u okviru federalnog fonda solidarnosti u cilju ujednačavanja prava osiguranih na nivou Federacije BiH kod provođenja određenih programa zdravstvene zaštite;
- izradu međunarodnih ugovora o socijalnom osiguranju u dijelu koji se odnosi na obavezno zdravstveno osiguranje i provodi ih;
- koordinira rad kantonalnih zavoda zdravstvenog osiguranja u provođenju ovih ugovora i neposredno učestvuje u međunarodnim dogovorima vezanim za ovu oblast,
- obavljanje poslova u vezi sa ostvarivanjem zdravstvene zaštite u inostranstvu za koje je ovlašten u skladu sa Zakonom o zdravstvenom osiguranju;
- osiguranje vođenja jedinstvenog informacionog sistema obaveznog zdravstvenog osiguranja;
- prikupljanje, analizu podataka i izradu obračuna ukupnih sredstava ostvarenih i utrošenih u zdravstvu Federacije Bosne i Hercegovine;
- izradu cijena zdravstvenih usluga iz osnova obaveznog zdravstvenog osiguranja;
- kao i druge poslove koji se odnose na rad federalnog fonda solidarnosti, a proizilaze iz zakona i drugih propisa te podzakonskih akata.
Realizacija Programa zdravstvene zaštite predstavlja prioritete i oni su grupisani kako slijedi:
- Obezbjeđivanje prava na zdravstvene usluge koje se finansiraju sredstvima federalnog fonda solidarnosti,
- Obezbjeđivanje prava na lijekove i medicinska sredstva koji se finansiraju sredstvima federalnog fonda solidarnosti,
- Ostvarivanje prava iz bolničke zdravstvene zaštite povratnika iz Federacije BiH u R Srpsku u zdravstvenim ustanovama u FBiH,
- Obezbjeđivanje prava osiguranim licima u FBiH na korištenje zdravstvene zaštite u inostranstvu saglasno Pravilniku o uvjetima i postupku upućivanja osiguranih lica na liječenje u inostranstvo,
- Zdravstvena zaštita u inostranstvu (za detaširane radnike) i po osnovu provođenja međunarodnih ugovora o socijalnom osiguranju,
- Planiranje i ugovaranje zdravstvene zaštite iz obaveznog zdravstvenog osiguranja i izvještavanja,
- Praćenje registracije obveznika, uplate doprinosa, ostvarivanja prava i praćenje troškova zdravstvene zaštite iz obaveznog zdravstvenog osiguranja, putem informacionog sistema u Federalnog zavoda osiguranja i reosiguranja,
- Usklađivanje zakonodavnopravnog okvira sa reformskim procesima FBiH i propisima EU, prevencija u borbi protiv korupcije i jačanje integriteta Federalnog zavoda osiguranja i reosiguranja.