Člankom 16. Zakona o zdravstvenom osiguranju (”Službene novine Federacije BiH” br. 30/97 i 7/02, 70/08 i 48/11) (u daljem tekstu Zakon o zdravstvenom osiguranju) propisano je osnivanje Zavoda zdravstvenog osiguranja i reosiguranja Federacije BiH, radi obavljanja poslova i ostvarivanja prava iz obvezatnog zdravstvenog osiguranja koja su od interesa za sve županije kao i provođenja određenih prava po osnovu konvencija, drugih međunarodnih ugovora ili zakona i obavljanja poslova obvezatnog zdravstvenog osiguranja. Vlada Federacije BiH je donijela Odluku o početku rada Zavoda zdravstvenog osiguranja i reosiguranja Federacije Bosne i Hercegovine V broj 107/98 od 14 svibnja 1998. godine. Člankom 13. Zakona o zdravstvenom osiguranju, obrazovan je Fond solidarnosti Federacije Bosne i Hercegovine (u daljem tekstu federalni fond solidarnosti) u cilju ostvarivanja jednakih uvjeta za provođenje obvezatnog zdravstvenog osiguranja u svim županijama, za određene prioritetne vertikalne programe zdravstvene zaštite od interesa za Federaciju, i za pružanje prioritetnih najsloženijih oblika zdravstvene zaštite iz određenih specijalističkih djelatnosti, sredstva federalne solidarnosti osiguravaju se kod Federalnog zavoda. Federalni fond solidarnosti je počeo sa radom 01.07.2002. godine.
Organizacija rada, broj uposlenih, način upravljanja i rukovođenja regulirani su Statutom Federalnog zavoda osiguranja i reosiguranja i Pravilnikom o organizaciji i sistematizaciji poslova i zadataka Stručne službe. Statut Federalnog zavoda je donijela Vlada Federacije Bosne i Hercegovine, a na Pravilnik o organizaciji i sistematizaciji poslova i zadataka Stručne službe, Vlade Federacije Bosne i Hercegovine je svojim aktom dala suglasnost.
Radom Federalnog zavoda upravlja Upravni odbor sastavljen od 11 članova koji čine po jedan predstavnik svake županije i predstavnik Ministarstva zdravstva Federacije Bosne i Hercegovine.
Federalni Zavod predstavlja i zastupa Direktor u skladu sa Zakonom i Statutom.
Ministarstvo zdravstva Federacije BiH je nadležno ministarstvo za Federalni zavod i sve instrukcije kao i povratna izvješća i planovi se dostavljaju ministarstvu na odobrenje i daljnju proceduru. Za financiranje dijela sredstava (transferi za određene programe) nadležno je Federalno ministarstvo financija koje ove transakcije izvršava u skladu sa Zakonom o izvršenju proračuna. Značajan je utjecaj Parlamenta FBiH prilikom usvajanja Planova i izvješća Zavoda kao i donošenja zakonskih rješenja iz oblasti zdravstva.
Obzirom na javnu odgovornost institucije, značajan utjecaj iz okruženja ima cjelokupna javnost kao i nevladine organizacije.
Sredstva federalnog fonda solidarnosti se osiguravaju iz doprinosa za obvezatno zdravstveno osiguranje i dijelom iz sredstava Proračuna Federacije BiH putem transfera Federalnog ministarstva zdravstva.
ZZOR FBiH je javna ustanova koja ima vodeću ulogu u osiguranju univerzalnog pristupa financijski održivom osnovnom paketu zdravstvenih prava iz obvezatnog zdravstvenog osiguranja čime utječe na izgradnju održivog kvalitetnog i isplativog zdravstvenog sustava sa ciljem poboljšanja zdravstvenog stanja stanovništva Federacije BiH.
„Da se razvije i ojača u instituciju iz oblasti zdravstvenog sektora koja će prvenstveno biti orjentirana prema pacijentu u cilju obezbjeđenja kvalitetnih usluga na efikasan, ekonomičan, efektivan i transparentan način kao i da „obezbijedi optimalan stupanj osiguranja prava pacijenta podjednako na cijelom području Federacije BIH iz programa u nadležnosti Federalnog zavoda i da osigura jednakost promatranu kroz prizmu obuhvata i pravednog financiranja zdravstvene zaštite osiguranika.
Nadležnost Federalnog zavoda utvrđena je Zakonom o zdravstvenom osiguranju i Statutom Federalnog zavoda, a odnosi se na:
- učešće u izradi Zakona u oblasti zdravstva, kao i drugih propisa i podzakonskih akata u vezi sa ostvarivanjem prava iz obvezatnog zdravstvenog osiguranja;
- praćenje politike provođenja i unapređenja obvezatnog zdravstvenog osiguranja i koordiniranje rada županijskih zavoda zdravstvenog osiguranja u tom domenu;
- planiranje i prikupljanje sredstava federalnog fonda solidarnosti i realizacije programa zdravstvene zaštite koji se financiraju sredstvima federalne solidarnosti, suglasno Odluci o vertikalnim programima;
- obezbjeđenje prava osiguranika u okviru federalnog fonda solidarnosti u cilju ujednačavanja prava osiguranih na nivou Federacije BiH kod provođenja određenih programa zdravstvene zaštite;
- izradu međunarodnih ugovora o socijalnom osiguranju u dijelu koji se odnosi na obvezatno zdravstveno osiguranje i provođenje istih;
- koordinira rad županijskih zavoda zdravstvenog osiguranja u provođenju ovih ugovora i neposredno sudjeluje u međunarodnim dogovorima vezanim za ovu oblast,
- obavljanje poslova u vezi sa ostvarivanjem zdravstvene zaštite u inozemstvu za koje je ovlašten u skladu sa Zakonom o zdravstvenom osiguranju;
- osiguranje vođenja jedinstvenog informacijskog sustava obvezatnog zdravstvenog osiguranja;
- prikupljanje, analizu podataka i izradu obračuna ukupnih sredstava ostvarenih i utrošenih u zdravstvu Federacije Bosne i Hercegovine;
- izradu cijena zdravstvenih usluga iz osnova obvezatnog zdravstvenog osiguranja;
- kao i druge poslove koji se odnose na rad federalnog fonda solidarnosti, a proizilaze iz zakona i drugih propisa te podzakonskih akata.
Realizacija Programa zdravstvene zaštite predstavlja prioritete i oni su grupirani kako slijedi:
- Obezbjeđivanje prava na zdravstvene usluge koje se financiraju sredstvima federalnog fonda solidarnosti,
- Obezbjeđivanje prava na lijekove i medicinska sredstva koji se financiraju sredstvima federalnog fonda solidarnosti,
- Ostvarivanje prava iz bolničke zdravstvene zaštite povratnika iz Federacije BiH u R Srpsku u zdravstvenim ustanovama u FBiH,
- Obezbjeđivanje prava osiguranim licima u FBiH na korištenje zdravstvene zaštite u inozemstvu suglasno Pravilniku o uvjetima i postupku upućivanja osiguranih lica na liječenje u inozemstvo,
- Zdravstvena zaštita u inozemstvu (za detaširane djelatnike) i po osnovu provođenja međunarodnih ugovora o socijalnom osiguranju,
- Planiranje i ugovaranje zdravstvene zaštite iz obvezatnog zdravstvenog osiguranja i izvještavanja,
- Praćenje registracije obveznika, uplate doprinosa, ostvarivanja prava i praćenje troškova zdravstvene zaštite iz obvezatnog zdravstvenog osiguranja, putem informacijskog sustava u Federalnog zavoda osiguranja i reosiguranja,
- Usklađivanje zakonodavnopravnog okvira sa reformskim procesima FBiH i propisima EU, prevencija u borbi protiv korupcije i jačanje integriteta Federalnog zavoda osiguranja i reosiguranja.